Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ, bir gazeteye verdiği röportajda, "TSK'yı ilgilendiren konularda bilgi alışverişi yapılmazsa kurumlar arası çatışma olabilir." demişti. İngiltere ziyareti öncesi Başbakan'a söz konusu ifadeler hatırlatıldı. Erdoğan, "Kurumlar arası bir çatışma mı var?" sorusuna şu karşılığı verdi: "Bu kanaatte değilim. Kurumları temsil edenlerin gönül dünyalarında bir çatışma varsa onu bilemem. Her kurum, Anaya-sa'daki görev alanı içerisinde hareket ederse problem kalmayacaktır."

Başbakan Erdoğan, İngiltere'ye hareketinden önce gazetecilerin sorularını cevapladı. "Org. Başbuğ askeri sevkiyatla ilgili rahatsızlığını ve kurumlar arası iletişimsizlikten rahatsız olduğunu dile getirmişti. Sizce Türkiye'de kurumlar arası bir çatışma mı var?" sorusu üzerine Başbakan, şunları kaydetti: "Kurumlar arası çatışmanın olduğu kanaatinde değilim. Kurumları temsil edenlerin gönül dünyalarında bir çatışma varsa onu bilemem. Her kurum anayasa içinde, yasalar içinde kendisine tanımlanmış olan görev alanı içerisinde hareket ederse zaten hiçbir problem kalmayacaktır. Zaten bu tanım içinde görevimizi ifa ediyoruz. Kurumlarımızın da bu tanım içinde görevlerini ifa etmelerini istiyoruz."

Başbuğ ise Küresel Terörizm ve Uluslararası İşbirliği Sempozyumu'nun resepsiyonunda gazetecilerin 'kurumlar arası çatışma endişesi' konusundaki sorusuna "Umarım herkes gerekli olan mesajı ve ikazı almıştır. Böyle bir şey olmaz. Aldığını zannediyorum ben." karşılığını verdi. ZAMAN